在Java中，可以使用org.json库或者com.google.gson库来解析JSON中的二维数组。以下是使用org.json库的示例代码：

import org.json.JSONArray;
 
public class JsonParserExample  {
    public static void main(String[] args) {
        String jsonString = "[[1, 2, 3], [4, 5, 6], [7, 8, 9]]";
        JSONArray jsonArray = new JSONArray(jsonString);
 
        int[][] twoDimensionalArray = new int[jsonArray.length()][];
        for (int i = 0; i < jsonArray.length(); i++) {
            JSONArray innerArray = jsonArray.getJSONArray(i);
            int[] innerArrayValues = new int[innerArray.length()];
            for (int j = 0; j < innerArray.length(); j++) {
                innerArrayValues[j] = innerArray.getInt(j);
            }
            twoDimensionalArray[i] = innerArrayValues;
        }
 
        // 输出二维数组
        for (int[] row : twoDimensionalArray) {
            for (int value : row) {
                System.out.print(value + " ");
            }
            System.out.println();
        }
    }
}

确保在项目中包含了org.json库。如果你使用的是Maven，可以添加以下依赖：

<dependency>
    <groupId>org.json</groupId>
    <artifactId>json</artifactId>
    <version>20210307</version>
</dependency>

这段代码首先将JSON字符串解析为JSONArray，然后遍历每一行，将每一行转换为一个整型数组，并存储到结果的二维数组中。最后，输出解析得到的二维数组。