凌恩生物动植物数据库平台速览

随着测序技术的发展海量的基因组、转录组、重测序的数据随之诞生如何存储、应用、挖掘这些数据是研究者关注的重点。凌恩生物目前已有针对21类物种构建数据库的经验涵盖植物、动物、昆虫等领域如桉树、百合、啮齿动物等物种。这些数据库整合基因组、转录组等多组学数据配备Blast、KEGG等分析工具助力功能基因组研究、分子育种及生物多样性探索。合作单位包括南京农业大学、兰州大学广西大学等多所高校及科研机构。1.EucaMOD: 桉树多组学数据库项目名称EucaMOD: 桉树多组学数据库链接地址http://eucalyptusggd.net/eucamod项目描述桉树多组学数据库整合了各种组学数据包括基因组学、比较基因组学、超级泛基因组学、转录组学、表观遗传学和变异组学。数据库配备了13种强大的分析工具如基因组浏览、Blast比对、gRNA设计、KEGG/GO富集、引物设计、基因预测、基因组比对、靶基因预测、转录因子鉴定、转座子鉴定和Motif结合位点预测等。EucaMOD借助JBrowse无缝浏览多组学数据极大地简化了对桉树多组学数据的深入分析与解读使操作更加直观。合作单位广西大学CiteEucaMOD: a comprehensive multi-omics database for functional genomics research and molecular breeding of fast-growing eucalyptus trees.The Plant Journal,2025.2.LGD百合基因组数据库项目名称LGD百合基因组数据库链接地址https://lgd.njau.edu.cn/lily/home项目描述百合基因组数据库整合了基因组学、转录组学和蛋白质组学等多种组学数据以及Blast、KEGG/GO、Primer等各类基因分析工具。通过集成JBrowse模块数据库还实现了多组学数据的可视化浏览功能。合作单位南京农业大学CiteLGD: a comprehensive online database of Liliales based on multi-omics data.Horticulture Research,2025.3.RodentGPOmics: 啮齿动物多组学数据库项目名称RodentGPOmics: 啮齿动物多组学数据库链接地址http://rodentgpomics.njau.edu.cn:8888/Rodent/index/homePage项目描述RodentGPOmics数据库收录了2,706种啮齿动物基础信息、121个物种染色体水平基因组序列覆盖29科78属及21,852条病原体序列含2923条细菌、8475条人畜共患病毒序列整合基因组可视化、比较分析、病原体传播风险评估等功能模块成为目前最全面的啮齿动物多组学研究平台。合作单位南京农业大学CiteThe RodentGPOmics Atlas: a comprehensive database of rodent biology for genomes and pathogens.Nucleic Acids Research,2025.4.MODMS紫花苜蓿多组学数据库项目名称MODMS紫花苜蓿多组学数据库链接地址https://modms.lzu.edu.cn/项目描述MODMS是一个综合性的首蓿多组学数据库包含首蓿多个参考基因组涵盖基因基本信息、功能信息、比较基因组信息。同时还囊括重测序、转录组、蛋白组、代谢组等多组学数据。数据库是一个用户友好的多组学数据库为首蓿生物学研究提供了全面的数据资源和分析工具。合作单位兰州大学CiteMODMS: a multi-omics database for facilitating biological studies on alfalfa (Medicago sativa L.).Horticulture Research,2024.5.CGD菊属多组学数据库项目名称CGD菊属多组学数据库链接地址https://cgd.njau.edu.cn/项目描述数据库提供了迄今为止最新和全面的菊属植物多组学数据集集成了多种生物信息学分析和可视化工具如交互式基因检索与序列提取工具、BLAST工具、共线性分析工具、表达量可视化工具和GO/KEGG/基因家族功能富集分析工具等。此外针对六倍体栽培菊花基因拷贝数多、功能冗余的问题开发了适用于栽培菊花的靶点设计软件一次分析即可设计多个同源基因的共同敲除靶点与特异敲除靶点。上线一年受到来自60余个国家(地区)20000余次访问促进了菊花及近缘种(重要亲本和育种材料)的基础研究进而推动菊花的种质创新与产业的繁荣发展。合作单位南京农业大学CiteCGD: A multi-omics database for Chrysanthemum genomic and biological research,Horticulture Research,2024.6.YAK Genome Database牦牛基因组数据库项目名称YAK Genome Database牦牛基因组数据库链接地址http://yakgenomics.com/项目描述牦牛2.0基因组数据库基于一只雌性雷乌其牦牛通过PacBio测序、Illumina测序、Bionano组装以及Hi-C三维基因组辅助成功组装出了牦牛在染色体水平上最完整详细的物理图谱。该数据库突破了由于大型家养或野生哺乳动物无法构建物理图谱而导致基因组无法组装到染色体水平的问题这一问题极大地阻碍了该物种在育种、疾病预防和控制等方面的精确定位。合作单位西藏农业与畜牧科学院CiteYak genome database: a multi-omics analysis platform,BMC Genomics,2024.7.PLDB芍药数据库项目名称PLDB芍药数据库链接地址http://210.22.121.250:8888/cosd/home/indexPage项目描述芍药数据库整合了芍药基因组信息基础参考基因组、RNA-Seq数据资源、蛋白质组学数据和代谢组学数据同时整合了Blast比对、多序列比对、基因预测、引物设计、基因组比对、KEGG/GO富集生信分析工具。合作单位安徽中医药大学CiteConstruction of a Multi-Omics database for Paeonia lactiflora: A resource for comprehensive data integration and analysis,BMC Plant Biology,2024.9.HOFE 法医昆虫学之家项目名称HOFE 法医昆虫学之家链接地址http://ihofe.com/项目描述HOFE数据库整合和共享了4种重要的法医学昆虫基因组数据、A. grahami转录组数据和13种腐食性物种线粒体数据。提供遗传信息数据查询、可视化、序列比对等功能。HOFE还为访问者提供了功能全面的多组学分析工具能够为研究人员和犯罪现场调查人员提供重要参考。HOFE数据库提供重要的技术支持和数据资源填补了法医昆虫数据库的空白。合作单位中南大学基础医学院CiteHOFE: an interactive forensic entomological database.Database,2024.10.CoSFISH鱼类条形码数据项目名称CoSFISH鱼类条形码数据库链接地址http://210.22.121.250:8888/CoSFISH/home/indexPage项目描述CoSFISH包含了21535条COI条形码和1074条18S rRNA条形码涵盖了21589种鱼类分别隶属于8个纲和90个目。CoSFISH同时提供了在线分析工具进行序列相似性比对、系统发育树构建和引物设计。CoSFISH数据库的构建为研究鱼类多样性、系统发育和生物进化研究提供了数据支撑合作单位中国水产科学研究院珠江水产研究所CiteCoSFISH: a comprehensive reference database of COI and 18S rRNA barcodes for fish.Database,2024.11.CFViSA多组学统计和可视化平台项目名称CFViSA多组学统计和可视化平台链接地址http://119.136.25.134:9011/tmbq/toManual项目描述CFViSA是一个免费的集成式生物信息学分析云平台专为组学数据设计集可视化与统计分析于一体。分析平台整合了微生物组和转录组两大分析流程并提供79种分析工具覆盖序列处理到数据可视化全过程。用户通过直观的分析界面可快速上手并科学设置参数从而方便获取包括统计分析、可视化图表在内的全部结果。合作单位南京农业大学CiteCFViSA: A comprehensive and free platform for visualization and statistics in omics-data.Computers in Biology and Medicine,2024.13.牛蒡数据库牛蒡的多组学数据库项目名称牛蒡数据库牛蒡的多组学数据库一种食品和药用植物链接地址http://210.22.121.250:41352/项目描述该数据库包含十个核心功能模块主页、基因组、转录组、Jbrowse、搜索、工具、SRAP 指纹、相关微生物、化学和出版物数据库整合了分子和化学数据为感兴趣的研究人员提供了一个全面的信息和分析平台对牛蒡的栽培、育种和分子生药学研究有很大的帮助。合作单位辽宁中医药大学药学院CiteThe burdock database: a multi-omic database for Arctium lappa, a food and medicinal plant.BMC Plant Biology,2023.14.MacadamiaGGD澳洲坚果种质资源和功能基因组学的综合平台项目名称MacadamiaGGD澳洲坚果种质资源和功能基因组学的综合平台链接地址http://MacadamiaGGD.net项目描述该数据库是简单序列重复SSR标记的宝贵集合包括基于澳洲坚果基因组序列并在本研究中开发的标记和先前开发的标记。 MacadamiaGGD 还集成了多种生物信息学工具如搜索、JBrowse、BLAST、引物设计器、序列提取、富集分析、多序列比对、基因组比对和基因同源注释。合作单位广西大学CiteMacadamia germplasm and genomic database (MacadamiaGGD): A comprehensive platform for germplasm innovation and functional genomics in Macadamia.Frontiers In Plant Science,2022.15.CUCUME葫芦科物种RNA甲基化数据库项目名称CUCUMERNA甲基化数据库整合了葫芦科物种不同组织中的系统 mRNA 信号、GWAS 和 QTL 遗传调控和表观遗传学链接地址http://cucume.cn/项目描述在全基因组水平上鉴定了南瓜和黄瓜中含有 5-甲基胞嘧啶 (m5C) 和 N6-甲基腺苷 (m6A) 位点的 mRNA。使用黄瓜/南瓜异种移植物的研究中发现的移植物可传播的系统 mRNA进一步整合黄瓜全基因组关联分析 (GWAS) 和数量性状位点 (QTL) 可以研究葫芦中 RNA 甲基化相关的遗传和表观遗传调控。合作单位中国农业大学设施蔬菜作物生长发育调控北京市重点实验室CiteCUCUME: An RNA methylation database integrating systemic mRNAs signals, GWAS and QTL genetic regulation and epigenetics in different tissues of Cucurbitaceae.Comput Struct Biotechnol J,2023.16.MODB软体动物线粒体基因组数据库项目名称MODB一个全面的软体动物线粒体基因组数据库链接地址http://modb.ytu.edu.cn/项目描述数据库致力于收集、整理和分享软体动物的线粒体基因组信息。集成了一系列分析和可视化工具如 BLAST、MUSCLE、GENEWISE 和 LASTZ。为有兴趣了解软体动物生物学特性的研究人员提供了全面的信息和分析平台合作单位烟台大学CiteMODB: a comprehensive mitochondrial genome database for Mollusca.Database,2021.17.Myrica rubra Database杨梅多组学数据库项目名称杨梅数据库杨梅的多组学数据库链接地址http://www.bayberrybase.cn/项目描述杨梅数据库是一个智能、交互和用户友好的系统使研究人员、育种者和园艺人员能够浏览、搜索和检索相关和有用的信息从而促进有关杨梅的基因组研究和育种工作。合作单位浙江省农业科学院园艺研究所CiteThe bayberry database: a multiomic database for Myrica rubra, an important fruit tree with medicinal value.BMC Plant Biology,2021.18.水稻泛基因组数据库项目名称33个遗传多样性水稻种质的泛基因组分析揭示了隐藏的基因组变异链接地址http://RiceRc.com项目描述研究提供了泛基因组规模的基因组资源提供了对水稻基因组变异的访问数据库其中包括171,072个SV和25,549个gCNV并使用 Oryza glaberrima 程序集来推断水稻种群中 SV 的衍生状态。合作单位四川农业大学CitePan-genome analysis based on 33 high-quality assemblies provides insights into hidden genomic variations in rice.Cell,202119.iMarmot旱獭比较基因组数据库项目名称iMarmot旱獭比较和功能基因组学的综合平台链接地址http://cucume.cn/项目描述数据库包含 14 只旱獭的生物学信息旱獭、6 只旱獭的基因组序列、3 只旱獭的同线关系和直系同源物以及几种冬眠动物和瘟疫宿主的表达谱。集成了一组分析和可视化工具例如 KEGG 或 GO 富集分析、PCA、Blast、Muscle、GeneWise、Lastz 和 JBrowse。数据库还提供了一个 DEGs差异表达基因模块以可视化冬眠者和瘟疫宿主的基因表达变化。合作单位西安交通大学基础医学院CiteiMarmot: an integrative platform for comparative and functional genomics of marmots.BMC genomics,2020.20.OGDA:藻类的综合细胞器基因组数据库项目名称OGDA:藻类的综合细胞器基因组数据库链接地址http://ogda.ytu.edu.cn/项目描述OGDA数据库包含1055个质体基因组和755个线粒体基因组。数据库还集成了多种应用程序来分析藻类细胞器基因组的结构特征、共线性和系统发育。合作单位中国海洋大学海洋生命学院CiteOGDA: a comprehensive organelle genome database for algae.Database,2020.21.GourdBase多组学瓠瓜数据库项目名称GourdBase:一个以基因组为中心的多组学瓠瓜数据库链接地址http://www.gourdbase.cn/项目描述GourdBase以基因组数据为中心整合了相关的表型、标记、QTL、遗传图谱、品种等数据信息。构建了直观友好内联的数据平台能够帮助研究人员更好地浏览、搜索和获取感兴趣的信息加速研究。合作单位浙江省农业科学院蔬菜研究所CiteGourdBase: a genome-centered multi-omics database for the bottle gourd (Lagenaria siceraria), an economically important cucurbit crop.Scientific Reports,2018.