【免费下载链接】bioSkillsa set of SKILLS.md for doing bioinformatics with agents like claude code项目地址https://gitcode.com/gh_mirrors/bio/bioSkills点击查看免费下载bioSkills 是一个面向 AI 编程智能体Claude Code、Codex、OpenCode 等的生物信息学技能库包含 63 个类别、共 561 个技能覆盖序列处理、变异检测、单细胞分析、转录组定量等主流分析场景。本指南带你用一行命令完成 Claude Code 安装、按需选择类别、验证技能生效并了解各技能的实际效果基准。 bioSkills 是什么bioSkills 把资深生物信息学家的专家知识封装成一个个技能包让 AI 智能体在处理真实科研任务时生成正确、规范的代码。每个技能目录都遵循统一结构文件作用SKILL.md给 AI 智能体看的指令算法分类、决策树、常见错误与修复方案usage-guide.md给人类看的快速上手文档examples/经过验证的可运行示例脚本技能覆盖从基础到进阶的全谱系例如sequence-io / sequence-manipulationFASTA、FASTQ、GenBank 读写与序列操作variant-callingGATK、bcftools、DeepVariant 等 13 个变异检测技能single-cellSeurat、Scanpy 支撑的 17 个单细胞 RNA-seq 技能workflows41 个端到端分析流程RNA-seq、空间转录组、CRISPR 等完整分类表见 README.md 的 Skill Categories 一节。 安装前环境准备bioSkills 本身只是知识文件真正跑通分析还需要对应语言环境。按你的分析方向准备即可Python3.9pip install biopython pysam cyvcf2 pybedtools pyBigWig scikit-allel anndata mygeneR/Bioconductor差异表达、单细胞、通路分析、甲基化技能需要if (!require(BiocManager, quietly TRUE)) install.packages(BiocManager) BiocManager::install(c(DESeq2, edgeR, Seurat, clusterProfiler, methylKit))命令行工具按需安装# macOS brew install samtools bcftools blast minimap2 bedtools # Ubuntu/Debian sudo apt install samtools bcftools ncbi-blast minimap2 bedtools 只跑 RNA-seq那 R 环境 samtools 就够了不必装全套依赖。 Claude Code 一行命令安装这是最常用的安装路径共三步# 1. 克隆仓库 git clone https://gitcode.com/gh_mirrors/bio/bioSkills.git # 2. 进入目录 cd bioSkills # 3. 全局安装技能装到 ~/.claude/skills/ ./install-claude.sh执行完./install-claude.sh后脚本会逐条输出Installed: bio-xxx最后显示Installation complete.即表示 561 个技能全部就位。常用安装选项速查表install-claude.sh 与 install-common.sh 支持统一的选项所有安装脚本通用选项说明示例--project [PATH]安装到指定项目目录.claude/skills/./install-claude.sh --project /path/to/project--categories只装指定类别逗号分隔./install-claude.sh --categories single-cell,variant-calling--list列出所有可用技能./install-claude.sh --list--validate安装前校验技能完整性./install-claude.sh --validate--update只更新有变化的技能./install-claude.sh --update--dry-run预览将安装的内容与 token 开销./install-claude.sh --dry-run--uninstall移除所有bio-*技能./install-claude.sh --uninstall⚠️注意--categories的类别名必须与目录名完全一致英文、连字符写错时脚本会报错并列出全部可用类别。按需安装只装你要的类别全部 63 类技能并非人人需要。如果只做单细胞和变异分析./install-claude.sh --categories single-cell,variant-calling不确定的话先跑--list看看每个类别的描述或用--dry-run预览安装规模会显示预计 token 开销。 其他 AI 智能体安装方式bioSkills 同时支持 5 款智能体安装脚本一一对应选项完全相同脚本目标智能体全局安装位置install-claude.shClaude Code~/.claude/skills/install-codex.shOpenAI Codex CLICodex 全局目录install-antigravity.shAntigravity CLI~/.gemini/antigravity/skills/install-opencode.shOpenCode~/.config/opencode/skills/install-openclaw.shOpenClawClawHub 生态./install-codex.sh --categories single-cell,variant-calling ./install-opencode.sh --project /path/to/project✨好消息Codex、Antigravity、OpenCode 安装时会自动转换为开放标准 Agent Skills 格式examples/→scripts/usage-guide.md→references/OpenCode 还能自动发现~/.claude/skills/下的技能装过 Claude Code 版就无需重复安装。✅ 安装验证与上手使用验证技能完整性./install-claude.sh --validate校验器会检查每个技能的name、description必须含 Use when 触发条件、tool_type、primary_tool字段及示例目录是否齐全最后输出Validation complete: 561/561 passed。用起来很简单——安装后直接用自然语言向 Claude Code 提需求即可例如从我的 RNA-seq counts 找差异表达基因用 STAR 把我的双端 RNA-seq reads 比对到人类基因组帮我看一下 BRCA1 这个变异是否符合 ACMG 致病标准智能体会根据上下文自动挑选对应技能与工具。想理解某个技能的细节可以直接阅读 differential-expression/deseq2-basics/usage-guide.md 这类人类文档技能编写规范可参考 skill_writing_reference.md。 装上 bioSkills 效果提升多少官方在 Bio-Task BenchBTB数据集上评测了是否挂载 bioSkills对智能体表现的影响完整报告见 resources/bioskills_eval_20260328.pdf。下图对比了 Claude Code 与 Codex CLI 在基础Basic与进阶Intermediate任务上的得分可以看到Claude Code 在基础任务上从 98.6% 提升到 99.9%Codex CLI 则从 90.5% 跃升到 99.9%——技能库把中等水平的智能体直接拉到了接近满分。❓ 常见问题 FAQQ1安装后所有技能都会占用上下文吗不会。只有技能描述常驻上下文正文SKILL.md 全文在智能体判定相关时才加载--dry-run可以查看具体 token 估算。Q2项目级安装和全局安装怎么选全局安装默认一次搞定所有会话项目级安装--project适合把技能随代码仓库分发给协作团队装到项目内.claude/skills/目录。Q3更新版本后怎么同步重新运行./install-claude.sh --update脚本会按文件时间戳对比只更新发生变化的技能。Q4想彻底移除怎么办./install-claude.sh --uninstall会清除所有bio-前缀技能不影响你手动添加的其他技能。至此bioSkills 的完整安装流程已经走通克隆仓库 → 一行命令安装 → 校验 → 用自然语言驱动智能体完成生物信息学任务。无论是刚接触计算生物学的本科生还是处理大规模数据的科研人员都可以从这 63 类技能中按需取用。赞分享【免费下载链接】bioSkillsa set of SKILLS.md for doing bioinformatics with agents like claude code项目地址https://gitcode.com/gh_mirrors/bio/bioSkills点击查看免费下载相关推荐Snippy 生物信息学工具完整安装与使用指南Snippy 生物信息学工具完整安装与使用指南 Snippy 是一款专为单倍体基因组变异检测设计的生物信息学工具能够快速识别单核苷酸多态性SNPs和插入/ClaudePrism 100 科学技能完全指南生物信息学、化学信息学与机器学习技能安装与使用ClaudePrism 100 科学技能完全指南生物信息学、化学信息学与机器学习技能安装与使用 ClaudePrism 是一款离线优先的桌面科学写作工作台Visual Studio Code 在 macOS 上的完整安装与命令行配置指南Visual Studio Code 在 macOS 上的完整安装与命令行配置指南 本篇技术指南以 Visual Studio CodeVS Code官方文档教程创作声明：本文部分内容由AI辅助生成（AIGC），仅供参考 
长河君 · 2026/10/14 16:55:34 · 阅读 1.2k bioSkills完整安装指南：一行命令为Claude Code装上63类生物信息学技能
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