今天在处理芯片数据,在使用rma方法对数据进行预处理时报错,试了非常多的方法,记录一下。
可能时rma函数会涉及调用多线程的操作,这一过程会产生冲突。此错误表示在规范化过程中创建新线程时出现问题,特别是与 pthread_create()
函数有关。为了解决这个问题,我们可以在负责 normalize.quantiles
函数的 preprocessCore
包中禁用线程。禁用线程将强制包以单线程模式运行,这可以避免 pthread_create()
错误。
解决方法如下:
#设置禁用线程的配置参数:
configure.args <- c(preprocessCore = "--disable-threading")
options(configure.args = configure.args)
#重新安装 preprocessCore 包:
renv::install("bioc::preprocessCore", rebuild = TRUE, force = TRUE, update = TRUE, type = "source")
最后一步,需要重启R(需要耐心等待一会儿)
重启之后,再次运行rma函数,发现报错消失,问题成功解决!
此解决方案通过将包限制为单线程操作来有效解决 pthread_create()
错误。虽然这可能会在多核环境中略微降低性能,但它确保了稳定性并避免了导致错误的线程问题。
至于取消以上操作,可以运行如下代码,记得仍需要重启R:
options(configure.args = NULL)
renv::install("bioc::preprocessCore", rebuild = TRUE, force = TRUE, update = TRUE, type = "source")
参考:
[1] 处理 R 中的“pthread_create()”错误 |基因组学 AI --- Handling the `pthread_create()` Error in R | Genomics AI (chaochungkuo.github.io)