基于宏基因组测序的抗性基因分析是目前抗性基因分析的重要手段。为了协助研究工作者对抗性基因开展更深入且全面的探研,凌恩生物技术团队致力于技术研发,推出了全新升级版的宏基因组抗性基因分析流程。此流程采用五大数据库进行详尽的注释分析,能全面覆盖ARGs、MRGs、BRGs、MGEs以及毒力因子的注释工作。
凌恩生物全新升级的抗性宏基因组项目报告在旧版分析流程基础上,新增多项优势分析内容,例如在基于reads的物种分类学注释及多样性分析中,新增古菌以及病毒注释分析内容,抗性基因数据库注释新增VFDB数据库,升级版抗性基因风险排序分析,新增基于reads的抗性基因宿主分析,分别对应于ARGs、MRGs、BRGs、MGEs以及VFs。
总体而言,新版流程包含12大分析模块,50多项分析内容,充分满足科研人员的众多分析需求。
此次升级的流程中,毒力因子VFDB数据库版本直接更新至2024版本,新版本中该数据库包含了共约2.8w个毒力因子,具体可分为14个大类,即黏附(Adherence)、外源毒素(Exotoxin)、入侵(Invasion)、效应因子传输系统(Effector Delivery System)、免疫调控(Immune Modulation)、运动(Motility)、外泌酶(Exoenzyme)、生存压力(Stress Survival)、生物膜(Biofilm)、抗菌活性/竞争优势(Antimicrobial activity/Competitive advantage)等。
图 VFDB数据库分类
图 升级版抗性宏基因组分析流程图
部分分析结果展示
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