NanoPsiPy: 通过直接RNA纳米孔测序数据中的U-to-C基对齐错误分析估计假尿苷水平的工具

描述

NanoPsiPy方法通过使用U-to-C基对齐“错误”特征作为直接RNA测序数据中假尿苷（Ψ）的独特特征，识别并量化转录组范围内的假尿苷修饰。

包版本

用于测试代码的软件和包的版本：

Python 3.11.0

guppy_basecaller: 6.4.2 (© Oxford Nanopore Technologies, Limited)（到目前为止，此软件仅在您是Oxford Nanopore Technologies的客户时可用）

minimap2: 2.18-r1015

samtools: 1.12 (Copyright © 2020 Genome Research Ltd.)

Python包：

pickle: 4.0 (python3)

numpy: 1.24.0

re: 2.2.1

pandas: 2.1.0

下载

您可以通过以下命令将包下载到您的集群。

git clone https://github.com/vetmohit89/NanoPsiPy

然后进入包含setup.py文件的文件夹。并运行

pip install .

现在您已经安装了包。您可以在账户的任何地方使用它。如果您不清楚任何命令，可以通过以下命令获取帮助

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