随着生物医学领域的快速发展，宏基因组学和宏转录组学正逐渐成为研究微生物群落及其在人体健康与疾病中作用的关键技术。然而，医学研究样品往往存在微生物含量较低的情况，这给数据分析带来了挑战。为了解决这一难题，并适应不断增长的研究需求，我们特别开发了基于reads的宏基因组二代（医学）和宏转录组（医学）分析流程。新的分析流程不仅为提供了强大的工具，也带来了新的视角，以更深入地理解微生物在疾病发生发展中的作用。

一、分析内容

 图1. 宏基因组二代（医学）reads分析流程图

 图2. 宏转录组（医学）reads分析流程图

宏基因组二代（医学）是通过直接从医学样品中提取DNA，利用高通量测序技术对所有微生物的遗传物质进行测序，从而研究微生物群体的组成、多样性及功能。宏转录组（医学）专注于研究特定医学环境下微生物群落的所有mRNA，以揭示其在特定条件下的表达模式。宏基因组二代（医学）和宏转录组（医学）reads分析流程，涵盖物种注释、物种与功能组成分析、样本比较分析、组间比较分析、物种与功能差异分析、环境因子关联分析等多个分析模块，为探索微生物与疾病的相互作用关系提供了新的分析视角。

二、分析流程特点

1、分析速度快

新分析流程基于reads注释分析，无需进行拼接组装，相较于常规宏基因组和宏转录组环境分析流程，分析速度更快。

2、Metaphlan4菌种注释

MetaPhlAn是针对宏组学数据进行微生物分类分析最常用的工具之一，是一种基于微生物物种基因组的标记基因进行物种鉴定和分类的方法，MetaPhlAn4数据库扩大了可量化的已知微生物物种的数量（相较于MetaPhlAn3多了18400种），提高了分析性能。

3、功能数据库全面注释

分析流程涵盖KEGG、eggNOG、CAZy、CARD、VFDB、PHI、TCDB等多个功能数据库注释，从不同的功能视角，全面解析微生物与疾病的功能关系。

三、分析结果展示（部分）

图3. 物种相对丰度柱状图（属）

 图4. 物种Bubble图（属）

图5. 组间差异显著物种-功能-热图

图6. 物种-功能-基因VPA分析结果