蛋白质结构中模型的提取

在 Biopython 的 PDB 模块中,提取 PDB 结构中的 model 信息相对直观。在 PyMMCIF 包中,我们可以通过提取 atom_site 数据中的 pdbx_PDB_model_num 字段来识别结构中的不同模型。下面是如何使用这两个包分别提取结构的 model 信息的示例代码。

1. Biopython PDB 模块提取模型示例代码

使用 Biopython 的 PDB 模块来解析 PDB 文件,并提取模型信息。

from Bio.PDB import PDBParser# PDB 文件路径
pdb_file_path = '/path/to/your/pdbfile.pdb'# 创建解析器
parser = PDBParser()# 解析结构
structure = parser.get_structure('protein', pdb_file_path)# 遍历结构中的模型、链、残基和原子
for model in structure:print(f"Model ID: {model.id}")for chain in model:print(f"  Chain ID: {chain.id}")for residue in chain:print(f"    Residue: {residue.resname}, Residue ID: {residue.id}")for atom in residue:print(f"      Atom: {atom.name}, Coordinates: {atom.coord}")

此代码遍历了结构中的模型、链、残基和原子,并输出相应

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