文章目录
- 1. 介绍
- 1.ATB (Automated Topology Builder)
- 2. Moltemplate
- 2. 展出讲讲怎么使用ATB
- 3. 展开讲讲怎么安装和使用moltemplate
1. 介绍
1.ATB (Automated Topology Builder)
ATB网站网址(需要用学术邮箱注册)
ATB (Automated Topology Builder) 是一个工具,专门用于帮助研究人员自动生成小分子和生物分子的拓扑文件,特别是用于分子动力学模拟。A TB 工具最显著的功能是,它可以将小分子的三维结构文件(如 .pdb 或 .mol2 文件)转换为分子动力学所需的拓扑文件(如 GROMACS 格式)。A TB 通过与力场参数的整合,例如 CHARMM 和 AMBER 等经典力场,使研究人员更容易为小分子模拟生成准确的参数。
主要功能:
1. 自动生成分子拓扑:A TB 可以自动化生成小分子的拓扑,省去手动计算参数的繁琐过程。
2. 支持力场:支持 CHARMM、AMBER、OPLS-AA 等经典的分子动力学力场,确保力场的兼容性。
3. 可扩展性:允许用户在已有力场的基础上扩展和自定义力场参数。
4. 与 GROMACS 集成:生成的拓扑文件可以直接用于 GROMACS 进行分子动力学模拟。
适用场景:
• 当研究人员需要模拟小分子与大分子之间的相互作用时,A TB 可以提供小分子的拓扑和参数。
• 它特别适合那些需要自动化且精确的小分子参数生成的场景。
2. Moltemplate
Moltemplate 是一个通用的分子动力学建模工具,用于构建复杂的分子系统(包括生物分子、纳米材料、聚合物等)的拓扑和输入文件。它最常用于 LAMMPS 分子动力学软件中,但也可以与其他软件集成。
主要功能:
1. 模块化设计:Moltemplate 提供了一种模块化的方式来构建分子模型。用户可以通过定义不同的分子或原子片段,然后将它们组合成更大的系统。
2. 支持复杂分子系统:可以处理包含数百万个原子的系统,适用于生物分子、聚合物、纳米材料等大规模复杂系统。
3. 图形化构建模型:虽然 Moltemplate 本身是文本驱动的,但它与 VMD 等可视化工具兼容,允许用户对其创建的系统进行可视化。
4. 多种力场支持:支持多种力场,包括 OPLS、COMPASS、CHARMM、AMBER 等,允许用户选择和定义所需的分子力场。
适用场景:
• Moltemplate 特别适合用于需要自定义复杂分子体系(如生物膜、纳米材料或分子机器)的研究工作。
• 由于其模块化设计,用户可以非常灵活地创建和修改分子结构、力场参数,适合需要细粒度控制和构建复杂拓扑的工作。
2. 展出讲讲怎么使用ATB
你也可以自己搜索与自己有关的小分子,我这里只是讲解
可以打开看看结构
这里配置你的参数
将参数配置好后打开1,另存为GROMOS_54A7_ATB.lt,会看到
下面那四个选择第一个,优化好的全原子力场文件,保存为1XL4_allatom_optimized_geometry.lt,这个名字取决于什么看下图:
在文件2的中间部分,有这么一部分,用三个顿号区分开来的区域,为moltemplate的输入文件,将其另存为system.lt,要去除每行的#|
中间有两个import,对应于上面提到的两个文件。所有文件准备完成:
之后通过 moltemplate.sh system.lt
命令运行,得到以下文件::
相关的分子data文件在system.data里面,力场参数如bond_coeff,angle_coeff,pair_coeff等参数在system.in.settings里面。ATB这个力场对应的力场函数形式如下:
units realatom_style fullbond_style harmonicangle_style harmonicdihedral_style harmonicimproper_style harmonic#pair_style lj/cut/coul/cut \$\{cutoff\} # for non-period simspair_style lj/cut/coul/long \$\{cutoff\}kspace_style pppm 0.0001special_bonds lj 0.0 0.0 0.5 coul 0.0 0.0 1.0 angle yes dihedral yes
3. 展开讲讲怎么安装和使用moltemplate
- 下载安装moltemplate,首先进入官网下载
https://www.moltemplate.org/download.html
或者通过wget下载:
wget https://www.moltemplate.org/downloads/moltemplate_2024-2-11.tar.gz
2. 解压
tar -xzvf moltemplate_2024-2-11.tar.gz
- 安装依赖
cd moltemplate_2024-2-11
python3 setup.py install
- 验证安装
moltemplate.sh --version # 在任意位置输入都可
Error可忽略
之后通过命令 moltemplate.sh system.lt
运行即可
会多出这些文件